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Posts Tagged ‘biologie moléculaire’

Andréas Sniadecki, Jean-Jacques Kupiec, l’ignorance au cœur de la cellule, 2018

20 mars 2018 Laisser un commentaire

Les idées de Jean-Jacques Kupiec ne sont que l’intériorisation
des contraintes extérieures auxquelles il est lui-même soumis :
soit une apologie du conformisme sous la forme du darwinisme.

« Le hasard est le nom
que nous donnons à notre ignorance »
Henri Poincaré.

Un penseur étrange en biologie a fait connaître ses théories ces dernières décennies : Jean-Jacques Kupiec et son idée d’ontophylogenèse 1. Pour lui, le fonctionnement de la cellule vivante et la formation de l’être vivant au cours du développement (ontogenèse) sont fondées sur des mécanismes identiques à ceux de l’évolution des espèces (phylogenèse), à savoir, le hasard des variations et la sélection naturelle, selon la théorie de Charles Darwin, le coryphée de la biologie et de l’évolution dans sa forme moderne.

Concernant l’ontogenèse, il fonde cette idée sur le fait que contrairement à ce que croyaient les biologistes moléculaires, les relations entre protéines, enzymes, etc. ne seraient pas stéréospécifiques – ne seraient pas strictement déterminées pour réagir seulement avec tel ou tel substrat – et se feraient donc « au hasard » ; et l’expression des gènes loin d’être le produit d’un programme génétique serait également « stochastique ». De là Kupiec met en avant ce qu’il appelle son « darwinisme cellulaire » qui, toujours selon lui, remet en question les fondements de la biologie moléculaire tels qu’ils existent depuis plus d’un demi-siècle.

C’est là tout le fondement de cette théorie que l’on nous présente comme absolument révolutionnaire et que Kupiec répète telle quelle à qui veut l’entendre depuis maintenant plus de 30 ans, soit depuis 1981 : une généralisation du darwinisme au métabolisme cellulaire et à la physiologie des organismes. Lire la suite…

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Cécile Lambert, Biologie fin de siècle, 2015

1 janvier 2016 Laisser un commentaire

Les transformations de la biologie fin de siècle vues de l’intérieur : des leçons de choses aux biotechnologies

Quand j’étais petite à l’école, dans les années 1950, la biologie faisait partie des Leçons de Choses. On nous apprenait à observer directement ou expérimenter de manière très simple : nous nous épastrouillions en découvrant que la tranche de carotte était transparente, ce qui démontrait que la carotte est surtout constituée d’eau.

En fac, vers la fin des années 1960, les professeurs étaient à peu près sur la même longueur d’onde. Je me souviens d’un Pierre Chouard hypnotisant son amphi quand il expliquait le rôle du phytochrome en évoquant les arbres de nos grandes villes en automne. Si les branches gardent leurs feuilles plus longtemps au voisinage d’un réverbère, c’est parce que la chute des feuilles est sous contrôle d’un interrupteur métabolique, appelé phytochrome, qui se commute à partir d’une certaine longueur de nuit. Oh ! Ah ! Lire la suite…

Erwin Chargaff, Amphisbène, 1963

3 décembre 2015 Laisser un commentaire

Erwin Chargaff est un biochimiste, né en Autriche le 11 août 1905, décédé le 20 juin 2002. En 1938, fuyant le nazisme, il émigra de Vienne à New York. À l’aide de méthodes expérimentales, Chargaff a découvert les deux règles qui portent son nom et qui ont joué un rôle essentiel dans la découverte de la structure en double hélice de la molécule d’ADN : le rapport entre les paires de bases A-T et C-G constituant l’ADN est égal à 1.

Les textes qui suivent sont des extraits tirés de son ouvrage de biochimie Essays on Nucleic Acids [Essais sur les acides nucléiques, ouvrage non traduit en français], 1963. Ce livre s’ouvre sur cette dédicace :

« À la mémoire de mon professeur, Karl Kraus. »

Le chapitre 11 est un pot pourri d’une multitude de conversations auxquelles j’ai pris part au cours de ces dernières années ; il s’agit, bien entendu, d’un assemblage de plusieurs de ces conversations, une sorte de collage : personne ne pourrait être individuellement aussi obtus.

Je ne doute pas qu’il y aura des gens pour penser qu’il est par trop déplacé et frivole de faire usage, à propos de problèmes scientifiques, de l’humour, de la satire et même des jeux de mots, ces hoquets métaphysiques du langage. Mais la critique devrait s’exercer à plusieurs niveaux ; et la critique de certains concepts de la science moderne, et en particulier de ses aberrations, a pratiquement disparu à une époque où elle est plus nécessaire que jamais ; où la polarisation de la science est si avancée que l’on « fait » désormais « campagne » pour des récompenses scientifiques comme pour des élections politiques ; où les conférences scientifiques commencent à ressembler aux discours à thème des congrès politiques ; où le reportage scientifique a remplacé les potins intimes d’Hollywood ; où la force de conviction des applaudissements s’est substituée à celle de la vérité ; à une époque où les cliques s’appuient sur la claque. L’émergence d’un Establishment scientifique, d’une élite de pouvoir, a donné naissance à un phénomène remarquable : l’apparition de ce que l’on peut appeler des dogmes 1 dans la pensée biologique. La raison et le jugement tendent à capituler face à un dogme ; mais c’est une erreur. Tout comme dans la vie politique, une attitude flegmatique cache souvent un point faible. Il est impératif de critiquer, de la manière la plus rigoureuse, les spéculations scientifiques qui se font passer pour des dogmes. Cette critique doit venir de l’intérieur ; mais elle ne peut être que celle d’un dissident.

Si le titre de ce dernier chapitre exige une explication, je peux citer le Nouveau Dictionnaire Universitaire Webster : « Amphisbène : légendaire serpent possédant une tête à chacune de ses extrémités et capable de se déplacer dans deux directions. » Si l’on a observé la séparation des brins d’ADN au Moyen-Âge, cela n’apparaît dans aucun témoignage. Lire la suite…

Erwin Chargaff, Amphisbaena, 1963

3 décembre 2015 Laisser un commentaire

To the memory of my teacher, Karl Kraus.

Chapter 11 [of Essays on Nucleic Acids, 1963] is a specimen of many conversations that I have participated in over the last few years; it is, of course, a composite of many such talks, a collage, as it were: no single person could be so dim.

There will be some, I am certain, that will find the application to scientific problems of the means of humor, of satire, and even of puns, these metaphysical hiccups of language, most unbecoming and frivolous. But there are many levels at which criticism ought to be exercised; and the critique of some of the concepts of modern science, and especially of its aberrations, has virtually disappeared at a time when it is more necessary than ever; at a time when the polarization of science has gone so far that one now “runs” for scientific awards as for a political office; that scientific lectures begin to sound like keynote speeches at political conventions; that scientific reporting has replaced the intimate gossip from Hollywood; that the persuasiveness of truth has been replaced by the strength of the acclamation; in other words, that cliques are surrounded by claques. The emergence of a Scientific Establishment, of a power elite, has given rise to a remarkable phenomenon: the appearance of what is called dogmas in biological thinking. Reason and judgment are inclined to abdicate when faced with a dogma; but they should not. Just as in political life, a stiff upper lip often conceals a soft underbelly. It is imperative that the most stringent criticism be applied to tentative scientific hypotheses that disguise themselves as dogmas. This criticism must come from within; but it can only come from an outsider at the inside.

If the title of the last chapter requires an explanation, I may quote Webster’s New Collegiate Dictionary: “amphisbaena – a fabled serpent with a head at each end, moving either way”. Whether strand separation was observed in the Middle Ages, is not recorded. Lire la suite…

Lettre ouverte à Emmanuelle Charpentier

15 octobre 2015 Laisser un commentaire

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Il y a trois ans, les scientifiques Emmanuelle Charpentier (France) et Jennifer Doudna (USA) ont découvert une molécule capable de remplacer facilement des séquences d’ADN, y compris sur les cellules reproductrices. Avec l’enzyme CRISPR-Cas9, modifier l’ADN de n’importe quel être vivant devient presque aussi simple qu’un copier-coller.

En avril 2015, un groupe de chercheurs chinois annonce avoir réalisé des essais sur des embryons humains, dans le but de réparer le gène responsable d’une maladie sanguine héréditaire. Cependant, les résultats se sont avérés peu concluants. Sur 86 embryons, l’enzyme CRISPR-Cas9 n’aurait permis de remplacer le gène défaillant que dans quelques cas, et des mutations inattendues se sont produites. C’est pour cela que cette expérience a été arrêtée. Lire la suite…

Erwin Chargaff, La goutte d’eau continuelle, 1978

Quand j’ai rencontré F. H. C. Crick et J. D. Watson à Cambridge dans les derniers jours de mai 1952, ils m’ont fait l’effet d’un couple mal assorti. Cet événement nullement mémorable – « César tombant dans le Rubicon » – a été bien souvent peint et repeint, retouché et reverni. Les diverses hagiographies [1]dues à leur plume ou à d’autres ont si généreusement accumulé les auréoles jetables que j’ai du mal, malgré ma bonne mémoire des circonstances comiques et ma profonde admiration pour les Marx Brothers, à gratter ces incrustations de légende. Je vais néanmoins essayer de dégager les faits en espérant que les portraits brossés seront moins déformés que le fameux autoportrait du Parmesan visible au musée de Vienne. Lire la suite…

Erwin Chargaff, Gullible’s Troubles, 1978

When I first met F. H. C. Crick and J. D. Watson in Cambridge, in the last days of May, 1952, they seemed to me an ill-matched pair. This intrinsically unmemorable event has so often been painted — « Caesar Falling into the Rubicon » — repainted, touched up, or varnished in the several auto- and allo-hagiographies that even I, with my good memory for comic incidents and great admiration for the Marx Brothers films, find it difficult to scrape off the entire legendary overlay. I hope that the resulting portraits will be in sharper focus than the famous picture of Parmigianino in the Vienna museum. Lire la suite…

La marchandisation de la biologie

Pourquoi des OGM, du clonage, des brevets ? Comment, au cours du XXe siècle, la biologie traditionnelle a-t-elle su muter pour permettre de telles inventions, et changer de mission ?

Pour saisir comment s’est faite la marchandisation de la biologie, nous avons choisi d’explorer deux pistes : la transformation des structures conceptuelles, afin de permettre l’intervention sur le vivant, et le contexte économique plus global de financement ciblé et de désengagement de l’État. Lire la suite…

André Pichot, Bioéthique et épistémologie, 2012

27 décembre 2012 Laisser un commentaire

Dans « bioéthique », il y a « éthique », mais il y a aussi « bio ». Or, si l’aspect « éthique » fait l’objet de toutes les attentions, l’aspect « bio » est assez négligé. Il est certes à l’origine des problèmes qui réclament un examen éthique, mais lui-même n’est jamais mis en question. Premièrement, parce que la bioéthique ignore tout questionnement philosophique sur la vie (il est vrai que ce champ d’études a disparu de l’université). Deuxièmement, parce que la bioéthique fait l’économie de toute réflexion sur la biologie, qu’elle soit épistémologique ou historique (elle tend même à se substituer à ces réflexions pour imposer son propre discours).

Tout se passe comme s’il y avait une science – la biologie – qui progresse de manière inexorable, produisant sans cesse des nouveautés dont les hommes doivent s’accommoder du mieux qu’ils peuvent (comme ils le font des phénomènes naturels, météorologie ou dérive des continents). Ce n’est pas qu’en eux-mêmes ces progrès soient mauvais, mais leurs applications (inexorables elles aussi) engendrent des problèmes éthiques, soit très concrets (dans la pratique médicale, par exemple), soit dans le domaine des idées (en perturbant des conceptions philosophiques, politiques ou religieuses établies). Les problèmes bioéthiques seraient ainsi, peu ou prou, les conséquences naturelles des incontestables et non moins naturels progrès de la biologie.

En réalité, ce schéma ne résiste pas à l’examen. Il existe une multitude de cas de figure. Les progrès et les problèmes ne sont pas toujours où on les voit, et ne sont pas toujours des progrès ni des problèmes. Les biologistes ne sont pas toujours les agents innocents du progrès, ils savent jouer avec les problèmes (y compris les problèmes éthiques), et se prennent parfois à leurs propres discours (voire à leurs propres pièges). Voici quelques exemples. Lire la suite…

Erwin Chargaff, Prémices d’une nouvelle barbarie, 1981

13 octobre 2011 Laisser un commentaire

Dans son admirable autobiographie Heraclitean Fire 1, parue en 1978, tout à la fois itinéraire scientifique et philosophique, Chargaff se décrit en quelque sorte lui-même en intitulant un de ses chapitres More foolish and more wise (plus fou et plus sage).

De nombreux épisodes dramatiques et parfois cocasses jalonnent sa vie. A Vienne, sa ville natale, la sauvage répression des milices ouvrières du parti social-démocrate par Schuschnigg, puis l’Anschluss et l’entrée des nazis qui le chassent de son pays le conduisent comme tant d’autres, aux États-Unis où, dès 1934, il recommencera à expérimenter et à enseigner au Mount Sinaï Hospital et à l’Université de Columbia à New York. Dès 1949, Chargaff décrit certaines irrégularités dans la composition de l’ADN et formule le concept de « complémentarité » (la loi de Chargaff), et un peu plus tard, met en évidence l’« appariement des bases » qui est la preuve la plus importante du fait que l’ADN a une structure de double hélice.

Biochimiste, Chargaff ne « situe » cependant pas sa découverte. La description finale de la structure de l’ADN vaudra en 1953 à Watson et Crick le prix Nobel que méritait bien, cependant, le génial et malchanceux biochimiste viennois.

La sombre vision qu’a Chargaff tout à la fois de l’avenir de la science et celle de l’humanité a-t-elle été suscitée par ces avanies ou provient-elle de son tempérament foncièrement pessimiste ? Quoi qu’il en soit, sa voix détonne dans l’univers ouaté, confortable et souvent béat de la communauté scientifique contemporaine, comme celle d’un moderne Isaïe prophétisant la chute du Temple et l’arrivée des quatre cavaliers de l’Apocalypse. Lire la suite…